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分子グラフィックス

　まずは最終的にダウンロード〜インストールが必要となるソフトウェア(すべて無料)を下に列挙します。リンク先は各ソフトウェアのwebサイトで,そこからダウンロードすることができますが,ダウンロードからインストールまでの手順はわざわざ説明しません。

1. ISIS/Drow
2. MOLDA for Windows
3. RasMol

[1]　ISIS/Drowを使って構造式を描く

　このソフトウェアについてはこちらのページを参考にすれば良いでしょう。

　自分の描きたい構造式が完成したら　[ファイル]->[エクスポート]->[Molファイル]　として,拡張子が.molであるファイルを作成します。

⇒この時点で　ファイル名.molというファイルが出来上がります。

[2]　MOLDAを使って.molファイルをインポートし,それを.pdbファイルとしてエクスポートする

　[ファイル]->[インポート]->[MDL MolFile]　とすると,ISIS/Drowで描いた構造式が読み込まれて画面に表示されるので,　[ファイル]->[エクスポート]->[Protein Data Bank]　を選択してファイルをエクスポートします。

⇒この時点で　ファイル名.pdbというファイルが出来上がります。

[3]　RasMolを使ってグラフィックス

　RasMolを起動させると真っ黒い画面が現れてくると思いますが,　[File]->[Open]　を選択して先ほど作った.pdbファイルを読み込んでください。すると画面に絵が表示されます。

　しかしこれで終わりではありません。画面に表示されたものは"細い管"の集まりで何がなんだか分かりません。そこでコマンドラインから次のような命令を打ち込んであげる必要があります。

{コマンド例}

#selectコマンド

RasMol> select all #すべての原始を選択します
RasMol> select carbon #炭素原子を選択します
RasMol> select hydrogen #水素原子を選択します

#spaceballコマンド

RasMol> spacefill 30 #（丸で表現されている）原始サイズを調節する

#wireframeコマンド

RasMol> wireframe 20 #原始同士をつないでいる管の太さを調節する

#backgroundコマンド

RasMol> background white #背景色を白に変更します

#coloreコマンド

RasMol> colore red #分子の色を赤に変更

参考URL（参考にしたページだけでトップページではありません）

http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~shimizu/database/lec2.html#rasmol

http://www2.ncc.u-tokai.ac.jp/okamoto/info/rasmol/simple/D.html

http://isw3.naist.jp/IS/Bio-Info-Unit/gogroup/DOC/Enshu03Oct10.html